기업부설연구소 사후관리 제안서 | 주)중소기업경영지원상담센터

EXECUTIVE SUMMARY — 제안 배경

많은 중소기업이 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 설립하여 세제 혜택과 정부지원사업 우대를 누리고 있습니다. 그러나 설립보다 중요한 것은 '올바른 사후관리'입니다.
매년 강화되는 국세청·KOITA의 현장 실사 및 사후 검증 기조에 맞추어, 체계적인 증빙을 갖추지 못하면 연구소 인정 취소는 물론 그동안 감면받았던 세액공제액 전액이 환수되는 치명적인 재무적 타격을 입을 수 있습니다.

관리 미흡 시 받게 되는 치명적인 불이익

연구소 인정 취소

실사 대응 불시 점검 및 의무 미이행 시 설립 효력 상실, 모든 세제 혜택 즉시 중단

세액공제액 전액 환수

국세청 세무조사·사후 검증 시 연구노트 등 증빙 자료 부재 시 감면액 전액 추징

정부지원 영구 배제

R&D 활동 입증 불가 시 향후 정책자금 및 각종 우대 사업 참여 완전 불가

올바른 사후관리 프로세스 — 센터 전담 영역

■ 4대 핵심 사후관리 의무 항목

단계	관리 항목	세부 내용	구분
1	기본 관리 문서화	연구소 신고내역서·인사발령장·경력·이력서·졸업증명서 체계적 보관 온라인 신고 파일 정기 업데이트 및 관리	필수
2	철저한 회계처리 분리	매년 회계사무실에 연구비용 정리 통보 전용 시설·기자재 구입비 및 일반경비 별도 분리 정리	연간관리
3	법적 의무 신고 준수	변경사항 발생 시 14일 이내 온라인 변경신고 완료 매년 4월 말 연구개발활동조사 필수 신고 대행	법적의무
4	실적 증빙 자산화	연구개발 노트 및 실적 증빙자료 5년 의무 보관 법적 기준 충족 국세청 불시 실사 즉각 대응 증빙 체계 구축	핵심증빙

핵심 리스크 방어 전략 — 연구노트 및 특허 출원 연계

연구개발 노트 작성 지원 (기본 증빙)

세금 절감과 연구소 생존을 동시에 지키는 절대적 필수 자산입니다.
R&D 활동을 완벽하게 입증할 수 있도록 연구 목적·방법·결과를 체계적으로 기록하고 구조화하여 지원합니다.
자료가 전혀 없는 기업도 맞춤형 구축이 가능합니다.

출원 특허 제작 연계 (핵심 증빙)

기술분석·기업재무 분석을 기반으로 실제 R&D 개발기술을 사업화하고, 특허 출원과 연계함으로써 국세청 불시 실사 시 어떠한 소명 요구에도 흔들리지 않는 강력한 법적 근거를 확보합니다.

2026년 하반기 사후관리 서비스 요금 안내

서비스 등급	핵심 제공 내역	정기컨설팅 기업	일반 기업
BASIC사후관리 일반	연구개발 노트 작성 지원 세액공제 증빙 자료 정리 변경신고 대행 (무료) 연구개발활동조사 보고 대행	170만 원	200만 원
STANDARD사후관리 기본	설립 3년 이내 / 사내 자료가 없는 기업 대상 무자료 연구개발 노트 맞춤 구축 세액공제 증빙 자료 세부 구성 변경신고 대행 (무료) + 활동조사 보고	200만 원	250만 원
TOTAL사후관리 토탈	연간 세액공제액 6,000만 원 이상 기업 필수 무자료 연구개발 노트 작성 및 체계화 출원 특허 연계 지원 R&D 개발기술 사업화 연계 종합 컨설팅 변경신고 + 활동조사 보고 완벽 대행	330만 원	380만 원

기업부설연구소·전담부서 사후관리